有人常問到第三天胚胎切片與囊胚期切片的差別，提供以下的想法參考，每個人的狀況不同，最好跟您的醫師詳加討論。
| 裂殖期胚胎切片(第3天) | 囊胚期胚胎切片(第5~6天) |
優點 | 1. 多數情況48小時內有結果，可以當個週期植入，不需冷凍胚胎。 | 1. 可以取得較多細胞，DNA進行放大成功率高，無診斷結果的機率降低。 2. 此時期胚胎鑲嵌型機率較低。 3. 因培養過程中，胚胎經自然淘汰形成囊胚，所以需檢查的胚胎數減少，所需使用的晶片數目較少，費用較省。 |
缺點 | 1. 僅能取1~2個細胞；少數情況下，進行放大無法得到足夠DNA，而無法進行晶片檢查(無診斷結果)。 2. 此時期胚胎鑲嵌型機率較高。 3. 檢查所需晶片數目相對較多、費用較多。 | 1. 許多情況下，胚胎無法培養到囊胚期。 2. 多數情況需配合冰凍胚胎，等結果出來再解凍植入。 |
胚胎鑲嵌型(嵌合式症)是指，胚胎細胞與細胞之間的染色體組成不一定完全相同。所以切片拿到的細胞不一定與其餘細胞相同。會造成診斷的困擾。
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